A elaboração da proposta orçamentária da UFF compete à Coordenação de Orçamento e Custos da Pró-Reitoria de Planejamento. Mediante as diretrizes estabelecidas pelo Ministério da Educação, esta Coordenação desenvolve anualmente os estudos técnicos necessários para viabilizar a decisão dos gestores sobre a alocação dos recursos disponibilizados. Alterações orçamentárias, estimativas de arrecadação e acompanhamento da execução orçamentária também são atribuições desse setor.