O Hospital Universitário Antônio Pedro foi inaugurado no dia 15 de janeiro de 1951 e denominado Hospital Municipal Antônio Pedro. O nome é em homenagem ao clínico-geral Antônio Pedro Pimentel, um dos fundadores da Faculdade Fluminense de Medicina. Durante os primeiros anos de existência, o Huap sobreviveu com verbas da Prefeitura de Niterói e também com aquelas obtidas por meio da cobrança de serviços médicos prestados. Em 1957, a Prefeitura proibiu a cobrança de serviços e, em oito meses, praticamente sem recursos, o hospital fechou suas portas.

Em dezembro de 1961, o Huap foi reaberto em caráter de emergência para atender as vítimas do incêndio do Gran Circus Americano, que vitimou 400 pessoas. Uma equipe composta por médicos da Prefeitura e estudantes da Faculdade de Medicina da UFF foi montada às pressas para viabilizar esse atendimento. Como Niterói necessitava de um estabelecimento hospitalar de grande porte, houve esforço no sentido de mantê-lo aberto. Entretanto, a insuficiência de fundos e a falta de equipamentos e de materiais de consumo fizeram com que o hospital fosse desativado.

Em 1964, depois de três anos de abandono e como resultado de uma longa mobilização dos estudantes de Medicina, o Hospital Municipal foi cedido à UFF tornando-se, assim, Hospital Universitário Antônio Pedro. Hoje, é considerado na hierarquia do SUS como hospital de nível terciário e quaternário, isto é, unidade de saúde de alta complexidade de atendimento. O Huap atende a população da Região Metropolitana II, que engloba, além de Niterói, as cidades de Itaboraí, Maricá, Rio Bonito, São Gonçalo, Silva Jardim e Tanguá.

Desde abril de 2016, o hospital é filiado à Rede Ebserh, estatal vinculada ao MEC que administra atualmente 40 hospitais universitários federais. O objetivo é, em parceria com as universidades, aperfeiçoar os serviços de atendimento à população, por meio do Sistema SUS, e promover o ensino e a pesquisa nas unidades filiadas.

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