O Pólo Universitário de Rio das Ostras da Universidade Federal Fluminense passou por problemas de repasse de verba em 2005, quando a Prefeitura Municipal de Rio das Ostras alegando irregularidades na prestação de contas de acordo com o convênio firmado, suspendeu o repasse de verbas, ocasionando o não pagamento de professores e técnicos-administrativos e comprometendo o calendário de aulas.
O Tribunal de Contas do Estado do Rio de Janeiro após analisar as contas prestadas pela Universidade Federal Fluminense, referentes ao repasse de R$ 2.790.000,00 que seria liberado em janeiro de 2005, não encontrou nenhuma irregularidade, dando parecer favorável ao repasse do referido recurso.
O Ministro da Educação Fernando Haddad recebeu, em seu gabinete em Brasília, no dia 4 de janeiro, o reitor da UFF, Cícero Mauro Fialho Rodrigues, o prefeito municipal de Rio das Ostras, Carlos Augusto Baltazar, o secretário de Educação Superior, Nelson Maculan, o representante do MEC no Rio de Janeiro, William Campos, o deputado federal, Alexandre Santos, o presidente da Câmara dos Vereadores Carlos Afonso e mais dois vereadores. Na ocasião ficou acertado que será feita uma repactuação do convênio passando a ser tripartite, uma vez que o Pólo de Rio das Ostras consta do Plano de Expansão das IFEs, programa de destaque do Governo Lula.
Dentro da nova proposta, serão repassados R$ 8 milhões pelo MEC para garantir apoio financeiro ao convênio e liberação imediata de 25 vagas para concurso de professor (20 das quais já estão publicadas no Diário Oficial).
Além disso, houve comprometimento do ministro no sentido de disponibilizar ao longo dos próximos anos de vigência do convênio um número de vagas de professores e de técnico-administrativos suficientes para dotar o Pólo de recursos humanos adequados ao seu pleno funcionamento. Com isso, proporcionará ao município de Rio das Ostras desoneração com o pagamento de professores e técnico-administrativos. O ministro interino Jorge Jairo exigiu a retomada imediata das aulas.
A reposição das aulas depende do repasse da verba por parte da Prefeitura. Mediante regularização, será aprovado, na reunião do Conselho de Ensino e Pesquisa (CEP) da UFF, o novo calendário que possibilitará a recuperação do semestre.